Dix-seq: 扩增子数据分析工作流使用说明

用户2970

3月4日修改

💡

本操作说明针对 dix-seq 0.0.8 版本。

一、软件部署准备工作

1.1 安装 apptainer

代码块

# ubunbu​
​
sudo add-apt-repository -y ppa:apptainer/ppa​
sudo apt update​
sudo apt install -y apptainer​
​
# centos/rokcy linux​
​
sudo dnf install -y epel-release​
sudo yum install -y apptainer​

1.2 下载安装 dix-seq

下载 apptainer 容器

代码块

https://efile111.hpccube.com:65014/efile/s/w/Ymlvc3RhY2s=_db57be1c1fe93bef&（密码：SbIf）请在浏览器打开链接，输入提取码下载文件?pwd=SbIf​

下载 db 数据库

代码块

https://efile111.hpccube.com:65014/efile/s/w/Ymlvc3RhY2s=_cb8e382fb31e6b53&（密码：kXTz）请在浏览器打开链接，输入提取码下载文件?pwd=kXTz​

需要下载: db.tar.gz文件，放置在可以访问的目录

参开序列数据库，现在支持 6 个数据库。

代码块

​
├── GTDB-220.0​
├── ITS-2024.4​
├── PR2-5.0.0​
├── RDP_16S_V18​
├── RefSeq-2024-11​
└── SILVA-138.2​

下载后，最后确保下面几个文件：　DB-VERSION.fasta, 　DB-VERSION.udb,  DB-VERSION.levels  放置在 db 目录。​

二、dix-seq 准备工作

2.1. 配置原始数据

•
创建目录结构​

首先在 dix-seq 目录里面的文件夹中放入原始数据、样本分组信息、配置信息，同时根据具体实验修改配置中引物序列以及扩增长度等参数。​

遵循文件管理最佳实践:​
◦
给每个项目创建一个独立的目录​

Dix-seq: 扩增子数据分析工作流使用说明​

Dix-seq: 扩增子数据分析工作流使用说明